青色申告における増額更正及び青色申告の承認の取消しについては、理由附記が必要とされています。その理由の内容は、詳細なものでなければならないことは、青色申告における増額更正に対する理由付記に関する判決（最高裁昭和38年5月31日第二小法廷判決）や、青色申告の承認の取消しに対する理由付記に関する判決（最高裁昭和49年4月25日第一小法廷判決）より明らかです。
つまり青色申告における増額更正に関する上記の判例では、「一般に法が行政処分に理由を附記すべきものとしているのは、処分庁の判断の慎重・合理性を担保してその恣意を抑制するとともに、処分の理由を相手方に知らせて不服の申立に便宜を与える趣旨に出たものである」とされています。
そして、「特に帳簿書類の記載以上に信憑力のある資料を摘示して処分の具体的根拠を明らかにすることを必要とすると解するのが相当である」と判示されました。
また、青色申告の承認の取消しに関する上記の判例では、（通知書に法令の）「該当号数を示しただけでは取消の基因となった具体的事実を知ることができない場合には、通知書に当該号数を附記するのみでは足りず、右基因事実自体についても処分の相手方が具体的に知りうる程度に特定して摘示しなければならないものと解するのが相当である。」と判示されています。
このように、青色申告において、増額更正または青色申告の承認の取消しを行う場合には、詳細な理由を附記することが必要とされているのです。
つまり、青色申告者である納税者に対しては、税務署長が増額更正を行う場合、詳細な理由附記を記載しなければならないのです。また、納税者の青色申告を取り消して、白色申告者としたうえで、その納税者に対して増額更正を行いたいとしても、青色申告の承認の取消しに対しても詳細な理由附記が求められているのです。
このように、青色申告者に対しては、相当の帳簿が備えられていれば、税務署長が更正を行うことが大変困難であるため、一般的に修正申告書の提出を求めてくるのです。
こうした点について、国税庁長官は、平成12年7月3日、『法人の青色申告の承認の取消しについて（事務運営指針）』を定めています。
そして、法人税法第127条（青色申告の承認の取消し）第1項および第146条（青色申告）において準用される場合については、この指針により取り扱うように定められました。青色申告の承認の取消しを行う場合が、具体的に定められたわけです。
この指針の制定の趣旨は、『法人の青色申告の承認の取消しは、法第127条第1項各号に掲げる事実及びその程度、記帳状況、改善可能性等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくない場合について行うこととし、この場合の取扱基準の整備等を図ったものである。』とされています。
すなわち、この指針は、青色申告の承認の取消しとして、真にふさわしくない場合とはどういった場合なのかという点を、定めているということができます。
この指針によると、青色申告の承認を取り消す場合は、次の6つの場合であると定めています。
1 帳簿書類を提示しない場合における青色申告の承認の取消し
2 税務署長の指示に従わない場合における青色申告の承認の取消し
3 隠ぺい、仮装等の場合における青色申告の承認の取消し
4 無申告又は期限後申告の場合における青色申告の承認の取消し
5 相当の事情がある場合の個別的な取扱い
6 電子帳簿保存の承認の取消しと青色申告の承認の取消し
では、1から6まで、それぞれの内容を見ていきたいと思います。
1 帳簿書類を提示しない場合における青色申告の承認の取消し
（取消事由の該当条項）
(1) 法第127条第1項第1号に規定する帳簿書類の備付け、記録又は保存（以下「帳簿書類の備付け等」という。)とは、単に物理的に帳簿書類が存在することのみを意味するにとどまらず、これを税務職員に提示することを含むものである。したがって、税務調査に当たり帳簿書類の提示を求めたにもかかわらず調査対象者である法人がその提示を拒否した場合には、当該拒否は同号に規定する青色申告の承認の取消事由に該当することになり、その提示がされなかった事業年度のうち最も古い事業年度以後の事業年度について、その承認を取り消す。なお、帳簿書類の提示がない場合には、青色申告の承認の取消事由に該当する旨を告げて、帳簿書類を提示して調査に応ずるよう再三再四その説得に努める。
この場合、調査対象者に対する説明等の応答の経過は、詳細に記録しておくことに留意する。
（取消通知書の記載事項）
(2) 青色申告の承認取消通知書に記載する取消事由は、例えば「自平成○年○月○日至平成○年○月○日事業年度分の法人税の調査に関し必要がありましたので、平成○年○月○日、…同月○日及び同年○月○日の○回にわたり、当税務署の調査担当職員が貴社の本店事務所において貴社代表取締役○○○○に帳簿書類の提示を求めたところ、その提示がありませんでした。このことは、青色申告に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が法人税法第126条第1項に定めるところに従って行われていないことになります。したがって、法人税法第127条第1項第1号に該当しますので青色申告の承認を取り消します。」のように、取消しの基因となった事実を具体的に記載する。
（取消処分後の帳簿書類の提示）
(3) 法人が帳簿書類を提示しなかったことにより青色申告の承認取消処分がなされた後、当該処分に係る不服申立て等の段階で帳簿書類の備付け等がされていることを示すために帳簿書類が提示されたとしても、このことによって、原処分の効力に影響を与えるものではない。
2 税務署長の指示に従わない場合における青色申告の承認の取消し
帳簿書類の備付け等について法人が法第126条第2項の規定による税務署長の指示に従わない場合には、法第127条第1項第2号の取消事由に該当することとなるが、この場合、当該指示に係る事業年度以後の事業年度について、その承認を取り消す。
なお、指示に従わない場合には、青色申告の承認の取消事由に該当する旨を告げて、当該指示に応ずるようその説得に努め、その上でなお指示に従わない場合にその承認を取り消すものとする。
3 隠ぺい、仮装等の場合における青色申告の承認の取消し
（青色申告の承認を取り消す場合）
(1) 青色申告の承認を受けている法人につき、次のいずれかに該当する場合には、(5)の場合を除き、法第127条第1項第3号の規定によりその該当することとなった事業年度以後の事業年度について、その承認を取り消す。
イ 無申告のために所得金額の決定をした場合又は所得金額の更正をした場合において、その事業年度の当該決定又は更正後の所得金額（以下「更正所得金額」という。)のうち隠ぺい又は仮装の事実に基づく所得金額（以下「不正所得金額」という。)が、当該更正所得金額の50%に相当する金額を超えるとき（当該不正所得金額が500万円に満たないときを除く。)。
ロ 欠損金額を減額する更正（所得金額があることとなる更正を含む。)をした場合において、その事業年度の当該更正により減少した部分の欠損金額（所得金額があることとなる更正の場合にあっては、当該所得金額を加算した金額）のうち隠ぺい又は仮装の事実に基づく金額（以下「不正欠損金額」という。)が、当初の申告に係る欠損金額（所得金額があることとなる更正の場合にあっては、当該所得金額を加算した金額。以下「申告欠損金額」という。)の50%に相当する金額を超えるとき（当該不正欠損金額が500万円に満たないときを除く。)。
ハ 帳簿書類への記載等が不十分である等のため、法第131条（法第147条において準用する場合を含む。)の規定による推計によらなければ適正な所得金額の計算ができないと認められる状況にある場合
（注）法第127条第1項第1号又は第2号の規定に該当する場合には、この基準にかかわらずその承認の取消しをするのであるから留意する。
（修正申告等があった場合の取消し）
(2) 国税通則法（以下「通則法」という。)第18条又は第19条の規定による期限後申告書又は修正申告書の提出があった場合において、これらの申告書の提出が、調査があったことにより決定又は更正がされるべきことを予知してされたものであるときは、それぞれその期限後申告又は修正申告後の所得金額又は欠損金額につき決定又は更正があったものとして(1)のイ又はロの取扱いを適用する。
（更正所得金額等）
(3) (1)のイ又はロの取扱いを適用する場合において、その事業年度の所得金額の計算上次に掲げる金額があるときは、これらの取扱いにおける更正所得金額又は申告欠損金額は、それぞれ次に掲げる金額による。
法第57条の規定による青色申告法人に係る繰越欠損金の金額 当該金額の損金算入をしないで計算した金額
青色申告法人に限り損金算入をすることができる金額（ の繰越欠損金の損金算入額を除く。) 当該金額の損金算入をしたものとして計算した金額
（再更正を行った場合の取消基準の適用）
(4) 再更正を行った事業年度における(1)のイ又はロの取扱いに該当するかどうかの判定については、当該再更正による不正所得金額又は不正欠損金額のみによるのではなく、その事業年度についての不正所得金額又は不正欠損金額の総額を基礎として判定する。
(注) 修正申告書の提出があった場合において、(2)の取扱いが適用されるときも同様とする。
（適正申告の申出等があった場合の取消しの見合せ）
(5) (1)のイ又はロに該当する場合であっても、その事業年度前7年以内の各事業年度につき次のいずれの要件も満たし、かつ、今後適正な申告をする旨の当該法人からの申出等があるときは、青色申告の承認の取消しを見合わせる。
青色申告承認取消処分を受けていないこと。
既往の調査に係る不正所得金額又は不正欠損金額が500万円に満たないこと。
（2期以上同時処理の場合の取消基準）
(6) 2期以上の各事業年度について同時処理をする場合において、(1)から(4)までの取扱いは、その同時処理をした各事業年度ごとに判定するのであるが、(5)の 及び の要件を満たすか否かに係る取扱いの適用については、当該同時処理をした事業年度のうち最後の事業年度前7年以内の各事業年度において当該 及び に掲げる要件を満たすか否かにより判定する。
（取消年度前の事業年度の青色申告の取消し）
(7) 青色申告の承認の取消しをした後において、更にその取消しをした事業年度前の事業年度について(1)のイからハまでに掲げる場合に該当することが明らかになったときには、その明らかになった事業年度にさかのぼって当該事業年度以後の事業年度についてその承認を取り消す。
4 無申告又は期限後申告の場合における青色申告の承認の取消し
法第127条第1項第4号の規定による取消しは、2事業年度連続して期限内に申告書の提出がない場合に行うものとする。この場合、当該2事業年度目の事業年度以後の事業年度について、その承認を取り消す。
5 相当の事情がある場合の個別的な取扱い
青色申告の承認の取消しは、青色申告制度の趣旨から真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められる場合に行うものであるから、次に掲げる事情があるものについては、3(1)若しくは(5)又は4にかかわらず、所轄国税局長と協議の上その事案に応じた処理を行うものとする。
3(1)により青色申告の承認の取消しをすべき事実がある場合（3(5)によりその取消しをしない場合を除く。)又は4に該当する場合においても、役員その他相当の権限を有する地位に就いている者が知り得なかったこともやむを得ないと認められるなどその事実の発生について特別な事情があり、かつ、再発防止のための監査体制を強化する等今後の適正な記帳及び申告が期待できるなど、取消しをしないことが相当と認められるもの
3(1)若しくは4に該当しない場合又は3(5)に該当する場合においても、二重帳簿を作成する等の方法により計画的に取引の一部を正規の帳簿に記載していない、直前の調査において3(5)の申出等を行った後も引き続き取引の全部又は一部を隠ぺい又は仮装して帳簿書類を作成している、3(1)又は(5)の取消しに係る形式基準を回避するために当該基準を僅かに下回る過少申告を毎事業年度継続して行っている等、当該法人の帳簿書類の記録の状況、申告書の提出状況等からみて法第127条第1項第3号又は第4号の規定により取消しをすることが相当と認められるもの
6 電子帳簿保存の承認の取消しと青色申告の承認の取消し
電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律第8条の規定に基づき電磁的記録による保存等の承認の取消しが行われた場合には、その取消しに伴い同法第11条第3項の規定により読み替えられた法第127条第1項第1号の規定に基づき、青色申告の承認の取消しを行うことができることになる。
この場合、取消しに当たっては、電磁的記録に代わる紙等による備付け又は保存（電磁的記録による保存等の承認の取消しに伴う臨時的な出力を含む。)の有無とその程度、電磁的記録の今後の出力と保存の方法、真に青色申告書を提出するにふさわしいと認められるかどうか等を検討した上、法第127条第1項の規定の適用を判断する。
以上の6つの場合に該当する場合にのみ、青色申告の承認の取消しを行うことができると定められているのです。
以上の点に関しては、国税庁の以下のHPに掲載されています。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/jimu-unei/hojin/000703-3/01.htm
